1.提交申請
申請人可先在網(wǎng)上提前預(yù)約申請，或直接到現(xiàn)場提出申請，并按照規(guī)定填寫《中國公民出入境證件申請表》（可通過機器、網(wǎng)上、手機APP自助填表，填表時自動獲取并打印二代身份證相片可免交填表照片，制證電子照片由受理機構(gòu)免費為申請人采集），準備好需要提交的相關(guān)證明材料。
2.數(shù)碼照相
申請人需要提交本人數(shù)碼照片兩張，可直接在現(xiàn)場進行拍照(亦可在公安局認可的拍照點拍照，需領(lǐng)取照片回執(zhí))。
3.采集指紋
申請人在工作人員的指引下進行指紋采集或者核驗指紋(左右手大拇指)，16周歲以下的申請人是否采集指紋根據(jù)其監(jiān)護人的意見確定，采集后拿號等待辦理。
4.受理申請
工作人員對申請人提交的材料進行初審，并出具繳費單給申請人(如果申請人希望使用免登記自助通關(guān)，應(yīng)同時簽署《免登記使用港澳地區(qū)自助查驗通道聲明》)。對符合申請條件，申請材料齊全且符合法定形式的，當場予以受理，并向申請人出具《受理申請回執(zhí)單》；對申請材料不齊全或者不符合法定形式的，一次性告知申請人需要補正的全部內(nèi)容；對不屬于本部門職責(zé)范圍或不符合受理要求的，不予受理，并向申請人說明理由。
5.繳納費用
申請人到指定窗口繳納辦證及簽注所需的費用，簽注費用以簽注類型而定，并領(lǐng)取回執(zhí)單。
6.制作證件
受理申請后，由省公安機關(guān)出入境管理機構(gòu)負責(zé)制作電子港澳通行證，并將制作好的證件送回接受申請的出入境管理機構(gòu)。申請材料不符合規(guī)定的，作出不予批準簽發(fā)往來港澳通行證決定，制作《不予批準簽發(fā)出入境證件決定書》送達申請人。
7.發(fā)放證件
申請人在制證完成后，到辦理的出入境管理機構(gòu)領(lǐng)取證件;若選擇快遞形式收件的話，只需等候快遞人員上門進行簽收即可。